Диагностика Sentinel респираторных вирусных инфекций

Острые респираторные вирусные инфекции (далее ОРВИ) — это собирательное понятие большой группы острозаразных заболеваний вирусной этиологии, характеризующейся, преимущественно катаральным воспалением верхних дыхательных путей, сопровождающимся лихорадкой, кашлем, болью в горле, чиханием, насморком и нарушением общего состояния разной степени выраженности [1].

Острые респираторные вирусные инфекции (ОРВИ) разной этиологии и грипп, по данным ВОЗ, как и прежде, занимают одно из первых мест среди всех инфекционных заболеваний. На долю этих нозологий приходится около 90−95% всех случаев инфекционных заболеваний профилактики [2]. Естественная эволюция возбудителей гриппа и коронавирусной инфекции приводит к тому, что циркулирующие в природе штаммы, как правило, могут «опережать» по своей антигенной структуре вирусы, введенные в состав разработанных вакцин.

Наиболее распространены вирусы гриппа, парагриппа, аденовирусы, коронавирусы, метапневмовирус человека, респираторно-синцитиальный вирус, риновирусы человека, бокавирусы. Независимо от возбудителя входными воротами и местом локализации для инфекции являются верхние дыхательные пути, где происходит наиболее интенсивное размножение вирусов в эпителиальных клетках. Возбудители ОРВИ распространяются воздушно-капельным путем — при кашле, чихании, разговоре и посредством контаминированных предметов обихода. Длительность выживания респираторных вирусов во внешней среде составляет от 7 до 12 дней.
Респираторно-синцитиальный вирус (РСВ) является одной из основных причин возникновения респираторной патологии у детей, особенно младшего возраста: 70% детей переносят РСВ-инфекцию (РСВИ) в первый год жизни. РСВ в значительно большей степе- ни, чем другие часто встречающиеся респираторные вирусы, способствует развитию иммунопатологических проявлений, в том числе обструкции нижних дыхательных путей, что является специфическим фактором риска [3].

Начиная с 2009 г., когда ВОЗ ввела систему динамического контроля за распространением вирусов гриппа (EuroFlu.org). Однако ни один сезон не имел столь низких уровней заболеваемости гриппом во всем мире с 2009 по 2021 гг, как сезон на который пришлась пандемия COVID-19. Первой предполагаемой причиной значительного сокращения передачи вируса гриппа в эпидсезоне 2020/2021 являются различные меры гигиены и физического дистанцирования. В них входит целый комплекс мероприятий, включающий поведенческое дистанцирование, введение карантинного режима во многих странах мира, обязательное ношение медицинских масок и перчаток, использование антисептических растворов, введение дистанционного обучения и работы (в некоторых сферах деятельности), ограничение посещения общественных мероприятий и заведений. Перечисленные факторы значительно влияют на распространение вируса гриппа ввиду того, что его основным путем передачи является воздушно-капельный, а перечисленные мероприятия направлены на его подавление [4].
Еще одним важным фактором предполагается существование «феномена интерференции», который обусловлен способностью клетки, пораженной одним вирусным агентом, ограничивать проникновение другого, что, вполне вероятно, и произошло с вирусами гриппа вследствие обширного распространения SARS-CoV-2. Помимо снижения
восприимчивости «хозяина» к инфицированию, не исключена также и естественная, эволюционная межвидовая конкуренция двух вирусных агентов [5].

Однако данные по гриппу глобальные данные по заболеваемости гриппом могут быть надежными, поскольку приоритет в лабораториях получило наблюдение за коронавирусом.

• Провести дифференциальную диагностику на начальном этапе болезни довольно сложно и отличить их без специальных исследований практически невозможно, особенно если у человека лёгкая форма течения коронавирусной инфекции Это связано с тем, что первичные клинические проявления ОРВИ и COVID-19 похожи: слабость, повышение температуры, катаральные симптомы (Табл 1.)

Клиническая картина ОРВИ существенно варьирует в зависимости от этиологии возбудителя, состояния иммунной системы, возраста пациента и наличия сопутствующей патологии. Симптомы, которые возникают в первые дни и часы заболевания, обусловлены развитием локальной воспалительной реакции в воротах инфекции. Дальнейшее развитие симптоматики зависит от активности факторов врожденного иммунитета и скорости запуска высокоспецифичных иммунных реакций, направленных на полную элиминацию вируса.

К основным методам лабораторной диагностики, рекомендованным на территории РФ, относятся следующие:

• полимеразноцепная реакция (ПЦР) — основана на обнаружении РНК или ДНК вирусов;
• иммунофлюоресцентный и иммуноферментный анализ мазков из полости носа или с задней стенки глотки;
• иммунохроматографический тест для экспресс-диагностики гриппа непосредственно при осмотре пациента;
• вирусологический метод (получение культуры возбудителя);
• серологическая диагностика (определение титра специфических антител в парных сыворотках).

Быстрое определение причины ОРВИ позволяет назначить противовирусные препараты на ранних стадиях болезни, когда они наиболее эффективны, избежать назначения антибиотиков при вирусных заболеваниях, предупредить внутрибольничное распространение респираторных инфекций разной этиологии. В эпидемиологической практике быстрая расшифровка природы эпидемических вспышек позволяет определить тактику проведения противоэпидемических мероприятий и структуру экстренных превентивных мер в очагах заболеваний.

Этиологическая диагностика гриппа и ОРВИ должна проводиться в случаях:

• госпитализации больного по поводу острой инфекции дыхательных путей;
• заболевания лиц с высоким риском неблагоприятного исхода — детей до 1 года, беременных, лиц с хроническими заболеваниями;
• регистрации очагов ОРВИ с множественными случаями заболеваний в организованных коллективах детей и взрослых с круглосуточным пребыванием

Молекулярные методы диагностики ОРВИ относятся к наиболее чувствительным методам. Чувствительность, так же как и специфичность, коммерческих тест-систем, представляющих собой различные варианты полимеразной цепной реакции (ПЦР), достигает 90−98% при диагностике гриппа, РСВ-инфекции и короновируса. Например, при детекции вируса гриппа, А чувствительность ПЦР с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) в 103 и 106 раз выше, чем при выявлении вирусных антигенов в культуре инфицированных клеток или иммуноферментном анализе соответственно [6]. До наступления пандемии COVID-19 считалось, что ПЦР — дорогой метод, требующий специального оборудования и обученного обслуживающего персонала. Анализ многостадийный и занимает достаточно длительное время: 2 дня и более при тестировании, помимо вирусов гриппа, других возбудителей ОРВИ. В настоящее время пандемия сформировала рынок исследований на коронавирусную инфекцию, где ПЦР анализ и оборудование для его проведения в различных медицинских учреждениях стал обыденностью.

Компания Sentinel Diagnostic (Италия) предлагает новый универсальный продукт для качественной диагностики респираторных инфекций — набор SENTI-GENE Pluri CoV-
2-FLU-RSV. Используется метод ОТ-ПЦР «реального времени» для качественного одновременного определения нескольких вирусных нагрузок — РНК коронавируса SARS-CoV-2 (COVID-19), вирусов гриппа А, B (Flu A&B) и Респираторно-синцитиальный вирус (RSV).
Для уменьшения вероятности ошибки на аналитическом этапе ПЦР-диагностики наборы SENTI-GENE Pluri CoV-2-FLU-RSV содержат лиофинизированные, уже готовые к применению смеси, что сокращает количество подготовительных манипуляций. Необходимо лишь добавить восстанавливающий буфер и исследуемый материал. Данное качество выгодно отличает набор от множества доступных на рынке ПЦР-тест систем, которые по рутинной подготовительной работе напоминают научные наборы, а не скрининговые. Минимальные трудозатраты на ПЦР менее 2х часов.

Набор SENTI-GENE Pluri CoV-2-FLU-RSV нацелен на одновременный анализ определенных областей вируса SARS-CoV-2 (специфическая часть гена N, помеченная флуорофором FAM), гриппа A и B (гены М2-М1 и NEP-NS1, помеченные флуорофором HEX) и вирус RSV тип A и B (ген L, помеченный красным флуорофором Техаs), что позволяет быстро и просто оценивать полученные результаты ПЦР-теста.

В качестве биоматериала для анализа набором SENTI-GENE Pluri CoV-2-FLU-RSV могут быть как мазки со слизистой носа и задней стенки глотки, так и мокрота, что положительно сказывается на чувствительности анализа при разной степени локализации вирусного РНК в теле пациента.

Для отслеживания проблема контаминации, которая часто возникает при неаккуратном обращении с положительными образцами, внутренним контролем и недостаточной организации при проведении ПЦР-анализа, праймеры и зонды, специфичные для структурных генов (РНКаза человека P), помечены флуорофором Cy5, присутствуют в наборе и используются в качестве эндогенного внутреннего контроля. Положительный контроль в жидкой форме также входит в комплект.

Возбудители гриппа — РНК-содержащие вирусы семейства Orthomyxoviridae. Выделяют 3 рода Influenzavirus, каждый из которых включает по одному виду вируса гриппа — А, В и С.

Вирус гриппа А обладает способностью к изменению своей поверхностной структуры посредством изменчивости поверхностных белков гемагглютинина (Н) и нейраминидазы (N). В результате могут происходить как точечные изменения в этих белках (дрейф), так и полная замена одного из поверхностных белков на новый (шифт). Это приводит к тому, что наша иммунная система не успевает достаточно быстро адаптироваться к изменчивому вирусу и выработать дифференцированный иммунный ответ. В результате отмечаются высокая восприимчивость, повсеместное распространение, короткие интервалы между эпидемиями и вовлечение всех групп населения, в т. ч. детей, подростков и пожилых людей

Вирус гриппа В выделяют только у человека. Он уступает вирусу гриппа, А по уровню вирулентности, контагиозности и эпидемиологической значимости, характеризуется более плавной и медленной изменчивостью. Эпидемии, вызванные гриппом В, менее интенсивны и менее длительны, их продолжительность 3−4 недели. За последние годы на территории РФ и в мире наблюдается сочетанная циркуляция вирусов типа, А и В

Респираторно-синцитиальный вирус (РСВ). Его отличие заключается в отсутствии нейраминидазы и гемагглютинина, тропности к поверхностному эпителию слизистой нижних дыхательных путей, что делает его причиной бронхитов и бронхиолитов. Основной путь передачи — воздушно-капельный, но описаны и случаи передачи через предметы личного обихода. При комнатной температуре вирус сохраняется в течение 6 часов.
РСВ поражает людей всех возрастных групп, вызывая и спорадические заболевания, и вспышки респираторных инфекций, наиболее ярко выраженные в популяциях детей младшего возраста и пожилых людей. С РСВ связано до 70% случаев бронхитов и бронхиолитов, до 58,2% пневмоний. Перенесенный в первые годы жизни бронхиолит способствует формированию бронхиальной астмы

Коронавирусы. Возбудители данной инфекции распространены повсеместно среди всех групп населения. Коронавирусная инфекция характеризуется сезонными подъемами заболеваемости и эпидемическими вспышками с интервалом в 2−3 года. В основном коронавирус участвует в инфекционных процессах, вызванных другими вирусами. Чаще всего он ассоциируется в патологических процессах, вызванных вирусами гриппа А, парагриппа, риновирусами, РСВ и аденовирусами
Смешанные формы инфекции достигают 70−85% общего объема заболеваемости. Смешанные формы инфекции с участием коронавирусов отличаются тяжелым течением

SARS-CoV-2. Данный вирус представитель семейства коронавирусов, к которому относятся также SARS-CoV («атипичная пневмония», SARS, ТОРС), MERS («верблюжий грипп») и даже некоторые возбудители обычной простуда (но не гриппа, его вызывают ортомиксовирусы). Коронавирусы являются РНК-вирусами, то есть их геном представлен молекулой РНК. Такое инфекционное заболевание вызывает тяжёлый острый респираторный синдром (ТОРС). Вспышка возникла и вызвала пандемию в конце 2019 г. в г. Ухань Китайской Народной Республики (КНР). ВОЗ присвоила официальное название инфекции COVID-19 («Coronavirus disease 2019»).